기본교육기관인 강원(講院)은 부처님의 가르침인 한문경전을 공부하는 곳으로서 불교전문강원이라고도 합니다.
강원 교육은 벽송지엄선사(1464-1534)가 초학자들에게 선원제전집도서(禪源諸詮集都序)와 법집별행록절요병입사기(法集別行錄節要幷入私記), 선요(禪要)와 대혜서장(大慧書狀)을 가르치셨는데 이 네 가지 문헌은 현재 우리나라 불교(조계종)의 소의경전(所依經典)으로서 사찰 강원 사집과(四集科, 수학능력과 같은 기초교육)의 교재로 사용하고 있는 것으로 보아 강원교재의 연원은 벽송지엄선사 때부터 비롯된 것으로 추정됩니다. 그리고 벽암각성대선사(1575-1660)는 경전을 판각하여 불법을 홍포한 스님 이고, 백암성총대선사(1631-1700)는 쌍계사에서 불조의 가르침을 전한 스님으로서 강원교재 사미과인 “치문경훈주”를 저술했고 경전을 판각하여 쌍계사에 소장한 쌍계사의 역대조사님입니다. 사미과와 사집과 외에 사교과(능엄경, 기신론, 원각경, 금강경)와 대교과인 화엄경을 4년간 연구합니다. 이렇듯 한국불교의 교육은 5백년 넘게 이어져 온 주입식교육이 아닌 각자가 연구하여 학인들 간의 토론 하고 그 토론결과를 가지고 대강백에게 문강 하는 교육방식입니다.
쌍계총림 방장이신 고산 혜원 대선사(1933 – 2021)께서는 조선시대 벽송지엄선사와 일제 강점기 명진학교 초대교장을 역임하신 박한영대강백, 근대 강고봉대강백으로 이어진 전통강맥을 이어받았습니다. 이후 고산혜원 대선사는 김천 청암사, 부산 범어사강원에서 후학을 지도하셨습니다. 지금도 쌍계총림 강원에서는 고산혜원 대선사의 강맥을 이어받은 후학들이 부처님 가르침인 경전을 공부하고 있습니다.
